Jak 3 это третья игра серии, которая была выпущена в 2004 году для PlayStation 2. В гороже Haven City, разразилась война между тремя фракциями, которые борются за контроль. Люди, которые не доверяют темным способностям Jak 'а, отправили его в пустыню. Daxter и Pecker тоже последовали за ним. Перед ними стала задача выжить, ведь пустыня не так пуста она просто кишит отбросами общества и мирными поселенцами.